Nació el 12 de junio de 1962 en San Isidro de El General, hijo de Rafael Bonilla Mora y Vitalina Céspedes Tames, fue bautizado en la parroquia de San Isidro Labrador. Realizó sus estudios primarios en la Escuela Manuel Castro Blanco de San Pablo de León Cortés, sus estudios secundarios los cursó en el Liceo Nocturno de Pérez Zeledón; sus estudios eclesiásticos los realizó en el Seminario Central de Costa Rica.
Incardinado a la Diócesis de San Isidro, fue ordenado diácono el 10 de diciembre de 1994 y presbítero el 9 de diciembre de 1995 en Catedral de San Isidro por manos de Mons. Ignacio Trejos.